Naturalis gebruikt de collectie vooral om onderzoek uit te voeren. Zo kunnen onderzoekers verschillende vogeleieren vergelijken om de identiteit van een soort te achterhalen. Ook kunnen vogeleieren informatie geven over biodiversiteit. Zo kunnen eieren helpen een schatting te maken over het aantal eieren per nest, maar ook over wanneer en waar vogels in het verleden hebben gebroed. Deze informatie wordt vergeleken met de situatie nu. Hierdoor kunnen veranderingen binnen een soort in kaart gebracht worden en is er ook informatie over vogelsoorten die nu niet meer bestaan.